• 建立 R 的使用環境
• 熟悉 R 語言基礎操作
  • 敘述句、數列
  • 查詢說明檔
• 了解 R 語言的物件的結構
  • 變數型態：logical、numeric、character、factor
  • 資料存放容器：list、data.frame、matrix、c()
  • 特別的物件:NA、NaN、Inf

• 常用技巧
  • 看部分資料及擷取
  • 更改、新增、刪除欄列
  • 文字處理
• R 語言的流程控制
  • if、else
  • for loop
  • 自訂 function

• 資料採集
• 資料清洗處理
• 視覺呈現
• 統計及分析

• 報告產出

• 啟發自2004年純文字電子郵件
• 好寫、好讀
• 可以純文字發布
• Markdown
  • Light weight markup language
  • Remove HTML tag for higher readibility.
  • Inline HTML is avaliable.
  • HTML5 Introduction (w3schools.com)

• 可以在 Markdown 內嵌 R code
• 一次呈現執行程式碼後的結果及文字說明
• 不用再把圖、表複製到其他文件編輯器中
• Rmd -> md -> html (docx, pdf)

• 時間久了會忘記code的意思
• 要寫說明文件給同學、同事、教授、主管
• 教授很有想法，想嘗試新方法
  (WTF！又要重跑一份)
• 老闆說要改流程
  (想扁人!之前貼到簡報上的圖又要重貼一份)

• 專案報告要呈現，code改了，但是文件無法同時修改！
  

• 製作reproducible的報告、投影片
• 想寫數學式子好展現自己的專業 \(e=mc^2\)
• 只有一份source code，不需要額外複製圖片到報告中
• 需求更改時，可以動態改變報告內容
• 增加資料分析演算法的可讀性

• 最新版的RStudio已經包含R Markdown功能
• 你也可以透過以下指令安裝R Markdown套件：

install.packages("rmarkdown")

• 利用 `r` 在markdown中插入R程式
• 插入 LaTeX 公式的方法：
  • 行內$ equation $
    
  • 段落 $$ equation $$
• for example :
  • 這是第7屆工作坊
  • 熵指標的公式為\(-\sum{p_i \log{p_i}}\) ，表示系統的亂度
  • markdown 公式輸入參考

在RStudio中，也可以找到RMarkdown的作弊小文件！

Headers

• 字體大小：使用井字號
  
• 井字越多，字體越小
  • # Header 1
  • ## Header 2
  • ### Header 3
  • #### Header 4
  • ##### Header 5
  • ###### Header 6

• 我是正常文字
• 粗體：使用**bold** 或 __bold__
• 斜體：使用 *italics* 或 _italics_
• 刪除線：使用~~想扁人~~

結果：

• 我是正常文字
  
• 粗體：bold
  
• 斜體：italics
  
• 刪除線：想扁人

• 貼上照片

• img: inserting images into an HTML document.

  Much easier for adjusting width and height.

  <img  src="img/me.jpg" width="80"> #src=路徑，jpg、png皆可
  <img  src="img/me.jpg" height="100" width="500">

  

• 利用+、*、-，列點文字
• 嵌入圖片： image: ![](path/to/smallorb.png)
• 嵌入連結：[木下柚香](https://youtu.be/RlmeFHIwzKA?t=88)
• 嵌入表格：

       標題一    |   標題二     
    -------------|------------- 
        123      |    456        
        789      |    0.0        

請大家以下面的文字為樣板，打出一篇簡短的自我介紹：

大家好，我是Jax(1.使用粗體)，目前就讀於國立政治大學，興趣是：

(2.請列點)

• 跳舞
  
• 打球
  
• 玩桌遊
  

我是男生，我長這樣： (3.請放照片)

(4.請放你的臉書連結) 想要和我做朋友的人可以加我臉書 歡迎加我好友

大家好，我是**Jax**(1.使用粗體)，目前就讀於國立政治大學，興趣是：\

- 跳舞\
- 打球\
- 玩桌遊\


我是男生，我長這樣：![](你的圖片路徑) 

想要和我做朋有的人可以加我[臉書](臉書路徑)

• 在 R Code Chunk 中，code可以被執行
• code會被```{r}及 ```包圍
• 快捷鍵（for windows、mac）：alt + control + i / option + command + i
• 將下列文字複製貼上並Knit：

```{r}
summary(cars$dist)
```

summary(cars$dist)

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
   2.00   26.00   36.00   42.98   56.00  120.00 

```{r plot}
summary(cars)
plot(cars)
```

• R Markdown 預設為同時顯示程式碼與所有回傳到 console 上的訊息 (output)
• echo(T/F): 是否顯示程式碼，output一定會呈現
• eval(T/F): 是否要執行程式碼
• message(T/F): 程式碼附帶訊息是否要含在output
• include(T/F): 程式碼及output是否要呈現，程式碼仍會執行
• warning(T/F): 是否呈現warning訊息

• 如果今天output跟程式碼都不要顯示，該如何打?
  

• include = F

• 如果今天只想顯示output，該如何打?
  

• echo = F

• 如果今天只想呈現程式碼，不想執行程式，該如何打?
  

• eval = F

• 如果今天output跟程式碼都要呈現，該如何打?
  

• include = T 或照預設

常用

• defult：show code and output
• echo = FALSE ：only show output
• eval = FALSE ：only show code
• include = FALSE ： run code but don't show code & output

利用每個chunk右上的設定鍵

在編輯 RMarkdown 的過程中，想要測試 chunk 中的 code 是否成功，但又不想要每次檢查都 knit，不僅花費太多不必要的時間也浪費系統資源

• 將游標點選在想要測試的 chunk 中任何一個位置
• chunks 選單中，點選 Run Current Chunk
• 快捷鍵：Alt + Ctrl + C

plot(x=iris$Sepal.Length,y=iris$Petal.Length, 
     pch=ifelse(iris$Species == 'setosa', 7, 
                ifelse(iris$Species == 'versicolor', 8, 13)),
     col = ifelse(iris$Species == 'setosa', 'red', 
          ifelse(iris$Species == 'versicolor', 'blue', 'green')),main = "Demo" ,
     xlab = "Sepal.Length",ylab="Petal.Length") 

第一個chunk

```{r, echo=TRUE, message=TRUE, warning=TRUE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
```

如果不要出現額外訊息，怎麼調整?

第二個chunk

```{r}
iris %>% 
  ggplot(aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Species)) + 
  geom_point(shape=1, size=2) 
```

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 原始出處
• 範例資料下載

範例連結

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算12/03日當日的最高溫與最低溫度

Hint：

1. 下載weather.csv到自己的電腦上
2. 在R chunk中，利用read.csv()讀取檔案進行分析
3. 找出12/03當日最高溫 max()
4. 找出12/03當日最低溫 min()
5. use inline R code `r max()`

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算七天中最高溫與最低溫及平均溫差(小數點第2位)

dat <- read.csv("C:/Users/DELL/Desktop/NCCU/工作坊/data/weatherWin.csv") 
max(dat[,5])
min(dat[,4])
round(mean(dat[,5])-mean(dat[,4]),2)
# 預測高溫約`r max(dat[1:2,4:5])`度，低溫約`r min(dat[1:2,4:5])`度
# 平均溫差為`r round(mean(dat[,5])-mean(dat[,4]),2)`度

預測高溫約30度，低溫約20度，平均溫差為3.86度

• Print data directly:

print(head(women))

  height weight
1     58    115
2     59    117
3     60    120
4     61    123
5     62    126
6     63    129

• 不用手動 key in 表格
• 在 Chunk 後面的參數多加上results='asis'
• 在 Chunk 裡面打上knitr::kable，呈現表格在output上

```{r, results='asis'}
knitr::kable(women)
```

• DT 套件
• 未安裝者記得先安裝 install.packages("DT")
• 使用前記得 library(DT)
• 易於呈現、美化表格
• DT使用手冊

```{r}
datatable(head(iris))
```

• 調整表格呈現的列數
• 使用 options = list(pageLength = 數字) 參數調整

# 呈現三列
datatable(iris, options = list(pageLength = 3))
# 呈現五列
datatable(cars, options = list(pageLength = 5)) 

• 可以利用 html 語法修改字體
• 標記特殊欄或列
• 調整欄

datatable(iris) %>%
  formatStyle('Sepal.Length',  color = 'red', 
              backgroundColor = 'orange', fontWeight = 'bold')

• 調整列

datatable(cars) %>% formatStyle( 'dist' ,
  target = 'row',
  backgroundColor = styleEqual(c(10), c('pink'))
)

其他例子

• Rmarkdown 有提供目錄的功能如R課前講義
• 文件長時方便尋找

• 將以下複製貼上到Rmarkdown的開頭
• theme: united 表示目錄的主題選擇為 united，可以變動
• R Markdown Theme Gallery

---
title: "你Rmarkdown的名稱"
author: "名字"
date: "2019/07/13"
output:
  html_document:
    theme: united
    toc : true
    toc_float: true
---

• 報告內圖片的長寬可以變動：透過fig_width以及fig_height: 7.5參數調整
• toc_depth表示顯示到多大的標題
  • ex: toc_depth: 4 會顯示有少於或等於四個井字號 #### 的標題

---
title: "你Rmarkdown的名稱"
author: "名字"
date: "2019/07/13"
output:
  html_document:
    theme: united
    fig_width: 10
    fig_height: 7.5
    toc : true
    toc_depth: 4
    toc_float: true
---

• 可以透過點選的方式選則整個 RMD 的主題
• 其餘改變的項目
• 設定小圖示 -> Output Options…

• Rmarkdown 除了可以輸出 HTML 文件外，可以生成投影片

• ## 代表一張投影片
• # 主題黑幕
• 要注意因為每張投影片長度限制，所以須控制內容

• 安裝套件 install.packages("flexdashboard")
• 使用前 library(flexdashboard)
• flexdashboard 使用手冊

• 實價登錄資料 Li-yun 周立筠
• 互動式地圖教學 Peng-Wen, Lin 林芃彣
• 2017 Asia Open Data Hackthon Dashboard (Flexdashboard) Life is struggle.
• 2017 TPC Hackthon (Shiny dashboard) Life is struggle.

Shiny

• Shiny Tutorial

請各位同學分成5-8組，每組各做出一個R markdown報告。
報告內容為 :
每個人的

• 小組自我介紹
• 一張照片
• 一個連結 (如Exercise - 1)
  

最後利用早上的demo資料(也可用R內鍵資料iris、cars等)，用dplyr套件，挖掘資料，主題不限，看小組對甚麼有興趣。 最好可以用圖表達出來，如plot、hist、barplot…等

It’s possible to embed a Shiny application within a document.

Using R packages::slidify to publish your slides to the web

library(slidify)
publish_github("repo", username="user_name")
publish_rpubs("title","file_name.html")
publish_dropbox(dir_name)
publish_gist("title",file="file_name.html",publish=TRUE)

1. sign up or login in Github.com at browser
2. find button: New repository to add new one.
3. select a name for repository, then created.
4. the link of your new repository would be like:
   https://github.com/"your_name"/"repo_name".git
5. find Settings in your profile at top-right corner
6. select SSH Keys and add SSH Key
7. upload your SSH key which created by your own PC/notebook.
8. at RStudio, using Rcommand:
   slidify::publish_github("repo_name", username="your_name")
9. your new page will be ready in 5~10 min and link:
   https://"your_name".github.io/"repo_name"/index.html

• An Introduction to R Markdown* by Mansun Kuo @ DSC2014
• R Markdown Cheat Sheet
• R Markdown
• knitr
• RStudio Documentation
• Reproducible Research
• Shiny Articles
• Publish to Github Pages/Dropbox/Rpubs

Slidify簡介 by Wush Wu
https://www.youtube.com/watch?v=P97udK2ktuY

20121203 MLDM Monday:markdown + knitr (Hangout 轉播) by Wush Wu
https://www.youtube.com/watch?v=OHKZLeKlUsM

• 了解自己的需求，詢問關鍵字與函數
• Taiwan R User Group，mailing list: Taiwan-useR-Group-list@meetup.com
• ptt R_Language版
• R軟體使用者論壇
• StackOverflow
• 歡迎來信 a0970850797@gmail.com 與我們一起交流！